تعود جامعة زاخو الى عام 2005 وذلك ضمن إطار إهتمام وتوجيهات سعادة رئيس حكومة إقليم كردستان، السيد مسعود البارزاني، ورئيس وزراء حكومة الإقليم، السيد نيجرفان البارزاني، في إتخاذ قرار وضع حجر الأساس لكل من كلية التربية وكلية التجارة في الحرم الجامعي في زاخو، حيث كانت تنتمي بشكل رسمي الى جامعة دهوك في ذلك الوقت.
